„Burza” miała rozpocząć się na Kresach Wschodnich, a następnie w miarę przesuwania się frontu obejmować pozostałe części kraju. Przewidywano, że o ile nie zaistnieją warunki umożliwiające rozpoczęcie powstania powszechnego, oddziały AK będą prowadzić wzmożoną akcję dywersyjną na tyłach wycofującej się armii niemieckiej (nawiązując, o ile to możliwe, taktyczne współdziałanie z Armią Czerwoną). Po wyparciu Niemców oddziały AK – wraz z ujawniającymi się przedstawicielami cywilnych władz Polskiego Państwa Podziemnego – miały witać wojska sowieckie w charakterze „prawowitych gospodarzy”, manifestując w ten sposób przynależność wyzwolonych ziem do Polski oraz fakt, iż kontrolę nad nimi sprawuje legalny Rząd RP. W ten sposób akcja „Burza” pozostawała wymierzona militarnie przeciw Niemcom, a politycznie przeciw ZSRR oraz podporządkowanym mu polskim komunistom.