W 1948 podjął pracę w Banku Gospodarstwa Spółdzielczego, następnie w Banku Rolnym na stanowisku inspektora kontroli kredytów w VI Oddziale Głównym.
21 lipca 1950 został aresztowany (Sejm uchylił jego immunitet poselski dopiero 23 marca 1951). Zarzucano mu czyny z art. 5 Dekretu z dnia 13 czerwca 1946 o przestępstwach szczególnie niebezpiecznych w okresie odbudowy państwa. W grudniu 1951 wyrokiem Sądu Wojskowego Franciszek Kamiński został skazany na 12 lat więzienia, 5 lat pozbawienia praw publicznych i obywatelskich, praw honorowych oraz przepadek całego mienia na rzecz Skarbu Państwa. Przebywał w więzieniach w Warszawie przy ul. Rakowieckiej i Koszykowej, potem w Potulicach i Rawiczu. Wypuszczony został w wyniku amnestii w kwietniu 1956.
W październiku 1956 Kolegium Sędziów Najwyższego Sądu Wojskowego w Warszawie uchyliło jego wyrok i umorzyło postępowanie. Podjął pracę jako urzędnik w Centrali Rolniczych Spółdzielni „Samopomoc Chłopska”, skąd odszedł na emeryturę w 1973. Po wyjściu z więzienia nie włączył się do czynnego życia politycznego. W latach 1957–1959 przewodniczył Komisji Historycznej BCh powołanej przy Zjednoczonym Stronnictwie Ludowym, w celu udokumentowania zbrojnego czynu ruchu ludowego w okresie wojny i okupacji. Utrzymywał ścisłe kontakty z wieloma działaczami ruchu ludowego.