Choć intuicyjna argumentacja Paleya przez dłuższy czas wywierała duży wpływ na wielu myślicieli, Paley nigdy nie sformułował precyzyjnych standardów wykrywania projektu w naturze. On i inni „teologowie przyrody” próbowali znaleźć w przyrodzie fakty wskazujące na istnienie mądrego i życzliwego Boga jako argumenty apologetyczne.

Darwin w młodości był zafascynowany poglądami Paleya. Nie myślę – pisał Darwin – bym kiedykolwiek wielbił jakąś książkę bardziej niż „Natural Theology” PaleyaLife and Letters of Charles Darwin", D. Appleton and Co., New York 1911, vol. 1, s. 29. Z czasem jednak Darwin opracował własne wyjaśnienie pochodzenia na pozór celowo zaprojektowanych struktur – dobór naturalny, odwołujące się wyłącznie do mechanizmów przyrodniczych. Zamiast zaś odwiecznego ładu przyrody wskazującego na istnienie dobrego Stwórcy, jaki widzieli wokół siebie wcześniejsi naturaliści, Darwin zwrócił uwagę na niedoskonałość i brutalność natury („walkę o byt”).