Po powrocie do Wielkiej Brytanii odbył misję propagandową do Ameryki Południowej. Następnie w latach 1918–1919 służył w brytyjskich północno-rosyjskich siłach ekspedycyjnych (ang. British North Russian Expeditionary Force). Doradzał w kwestiach wyposażenia i szkolenia sił brytyjskich w warunkach arktycznych. Do Murmańska, jako asystentów zabrał wybranych polarników: Franka Worsleya, Josepha Stenhouse’a, Leonarda Husseya, Alexandra Macklina, Philipa Brocklehursta i Victora Campbella. Shackleton wyposażył żołnierzy w odpowiednie ubrania, m.in. w płócienne buty wyściełane filcem – tzw. buty Shackletona (ang. Shackleton boots), które jednak okazały się niezbyt praktyczne. Ze służby odszedł w lutym 1919 roku. W tym samym roku otrzymał Order Imperium Brytyjskiego. Za służbę w Rosji przyznano mu również Medal Wojenny Brytyjski 1914–1918.
W 1919 roku opublikował relacje z wyprawy transantarktycznej South. Następnie angażował się w szereg przedsięwzięć gospodarczych, które jednak zakończyły się fiaskiem. Jego plany wyprawy arktycznej nie zostały zrealizowane z uwagi na wycofanie poparcia przez rząd Kanady.