W związku z tym, że miasto leżące na otwartym przedpolu Krakowa nie posiadało murów obronnych, było szczególnie narażone podczas najazdów nieprzyjaciela. Oblężenia Krakowa wiązały się ze zniszczeniem Kleparza, głównie w wyniku działań obrońców, którzy palili przedmieścia, żeby pozbawić napastników dogodnej bazy oblężniczej. Tak było w czasie oblężenia miasta przez wojska szwedzkie (1655), polsko-austriackie (1657) czy rosyjskie w czasie konfederacji barskiej w 1768 r. Po potopie szwedzkim Kleparz nie odzyskał już dawnego znaczenia, nie zdołano odbudować murowanej zabudowy, zastąpiła ją skromniejsza – drewniana.
W okresie samodzielnego istnienia Kleparz nie miał możliwości rozwoju terytorialnego, w znacznej mierze był uzależniony od Krakowa, stanowił właściwie jego przedmieście. W 1792, zgodnie z zaleceniami Sejmu Wielkiego, włączono miasto w granice administracyjne Krakowa. Ostatecznie prawa miejskie utracił w roku 1794.