Znaczenie Rafy koralowe zajmują jedynie 0,1% dna morskiego, ale w różnym stopniu zależy od nich ok. 25% wszystkich morskich gatunków, z których wiele stanowi podstawowe źródło pokarmu dla wielu społeczności ludzkich. Rafy stanowią również naturalne falochrony, silnie tłumiące energię i redukujące wysokość fal. Są również przedmiotem turystyki. Według naukowców od raf zależne jest, pośrednio lub bezpośrednio, ok. 500 milionów ludzi, a rafy generują dochody dla światowej gospodarki rzędu 30 mld USD.
Zagrożenie Do najważniejszych zagrożeń zalicza się przede wszystkim ocieplenie klimatu – powodujące blaknięcie koralowców, a także przełowienie, zanieczyszczenie i zakwaszenie oceanów. Szkody w środowisku raf koralowych powodują też inne zmiany i zjawiska w środowisku, takie jak huragany czy gwałtowne zwiększenie populacji rozgwiazd żerujących na koralowcach. Sytuację pogarsza fakt, że naturalna regeneracja rafy jest powolna. Osłabione i wyniszczone rafy rzadziej i mniej skutecznie rozmnażają się płciowo, co utrudnia im zróżnicowanie genetyczne, które to potencjalnie mogłoby w przyszłości zaowocować lepszą odpornością potomstwa na zmieniające się warunki środowiskowe.