Dla koralowców oznacza to spowolnienie tempa kalcyfikacji ich szkieletów.

Turystyka Innym źródłem zagrożeń jest też atrakcyjność turystyczna raf koralowych. Rozwój nadmorskich ośrodków turystycznych powoduje zwiększające się zanieczyszczenie i zamulenie wód przybrzeżnych; groźny jest również wandalizm niektórych turystów, odrywających kawałki koralowca „na pamiątkę”. W pewnych regionach koralowce wykorzystuje się jako materiał konstrukcyjny; często też się je wypala, aby uzyskać czyste wapno.

Rozgwiazdy Od lat 50. XX wieku obserwuje się okresowe eksplozje populacji rozgwiazd z gatunku korony cierniowej. Żerują one na koralowcach pozostawiając nagi szkielet, który wkrótce się rozpada. Pojedynczy osobnik może spożyć od 5 do 13 m² rafy. Największe grupy (liczące setki tysięcy osobników) odnotowano na Wielkiej Rafie Koralowej, Palau i archipelagu Riukiu.

Ochrona Ponad 40 raf koralowych jest objętych ochroną rezerwatową. Jednak jedynie połowa krajów, u wybrzeży których znajdują się rafy koralowe, uznała je za rezerwaty przyrody. Wszystkie gatunki koralowców rafotwórczych chronione są przez konwencję waszyngtońską CITES.