W drugim sezonie serialu Derek zostawia ją, by pogodzić się ze swoją żoną Addison. Te wydarzenia ją ranią, choć stara się pozostać w przyjaźni z Shepherdem. Zaczyna spotykać się z Finnem. Zauroczenie Grey i Dereka jest jednak na tyle silne, że kończy się ich ponownym zejściem. Meredith nie jest pewna, czy chce odnawiać tę znajomość ze względu na wcześniejsze wydarzenia. Musi wybrać pomiędzy Finnem a Derekiem. Wybiera Dereka, chociaż wciąż ma problemy z zaangażowaniem się w związek. Matka Meredith odzyskuje nagle pamięć, lecz po kilku dniach umiera. Podczas wypadku promu Meredith pomaga ofierze rannej w nogę, która w ataku paniki zrzuca ją do wody. Walczy by pozostać na powierzchni i dopłynąć do brzegu, ostatecznie jednak poddaje się i ulega zimnej wodzie. Zostaje wyłowiona przez Dereka i odratowana dzięki staraniom wszystkich lekarzy w Seattle Grace. W stanie śmierci klinicznej spotyka Dylana Younga, Denny’ego Duquette’a oraz swoją matkę Ellis, którzy namawiają ją, by walczyła o swoje życie.