Organizacja Patriarchat jakobicki mieścił się początkowo w Antiochii. W 518 cesarz Justynian wygnał monofizyckiego patriarchę Mor Seweriusza do Egiptu i od tej pory rezydencjami patriarchów były różne klasztory w Mezopotamii. Od XIII wieku patriarcha rezydował w klasztorze Deir Al Za’afaran koło Mardin w dzisiejszej Turcji. W 1933 patriarchat został przeniesiony do Syrii – do Homs, a w 1959 do Damaszku. Od 1293 tradycją kościoła jest, że patriarchowie noszą imię Ignacy, na pamiątkę świętego męczennika Ignacego Oświeciciela, drugiego patriarchy Antiochii (po świętym Piotrze Apostole).
W szczytowym okresie swego rozwoju (XIV wiek) kościół jakobicki liczył 20 metropolii i 103 diecezje, sięgające na wschód do Afganistanu. Są również dowody istnienia skupisk wiernych tego kościoła w Turkiestanie i w Sinciangu. Charakterystyczną cechą hierarchii duchownej Kościoła jakobickiego był dualizm władzy – w zachodniej Syrii biskupi podlegali patriarsze, a na terenach Persji i dalej na wschód – mafrianowi (metropolicie z uprawnieniami patriarchy).
Wierni Kościoła jakobickiego, rozproszeni po całym świecie, są podzieleni na 17 diecezji [dane z 1983].