W XVIII w. pałac zmieniał właścicieli. Od 1764 roku właścicielami pałacu byli Massalscy. W 1799 r. zakupił go Jacek Kluszewski, starosta brzegowski, który już wcześniej w sali na drugim piętrze urządzał spektakle teatralne – pierwsze w Krakowie przedstawienia w teatrze stałym. Po zajęciu miasta przez Austriaków w 1796 r., w pałacu zamieszkał gubernator terenów przyłączonych do monarchii Habsburgów. Pierwszym gubernatorem był Wacław Margelik, który na wieść o szykującej się polskiej demonstracji uciekł konno z pałacu, krzycząc, że jest ścigany durch das polnische Regiment Ruchawka (przez polski pułk Ruchawka). W dniu 9 sierpnia 1796 r. zamieszkał w pałacu ks. Karol von Auersperg, delegat rządu austriackiego do odebrania hołdu od obywateli krakowskich. Jego uroczysty przejazd przez Rynek Główny uwiecznił malarz Michał Stachowicz. Na obrazie przedstawiony jest także ówczesny wygląd rezydencji. Przed 1808 rokiem przebudowano barokową fasadę, zlikwidowano balkony i kartusze, zmieniono formy otworów w związku ze zamianą niskiego trzeciego piętra (mezzanina) na pełną kondygnacjęW. Komorowski, A. Sudacka, Rynek Główny w Krakowie, Wrocław, Ossolineum, 2008. .. W następnych latach Pałac Spiski był siedzibą administracyjnych władz austriackich, a parter zajmowały eleganckie sklepy (m.in. sklep jubilera Modesa). W 1828 r.