Samolot zyskał większą uniwersalność, mógł zostać w krótkim czasie przystosowany do zadań łącznikowych, sanitarnych lub rolniczych. Jak-12M stał się najliczniej produkowanym wariantem samolotu.
Ostatnią, produkowaną od 1957 wersją samolotu był ulepszony Jak-12A. Był on dopracowany aerodynamicznie; kadłub samolotu stał się bardziej wysmukły, zmniejszono przekrój osłony silnika. Dzięki temu poprawiły się osiągi i udźwig samolotu. Prostokątne skrzydło otrzymało trapezowy obrys końcówek, podparte było jednym zastrzałem zamiast dwóch i wyposażone w automatyczne sloty. Usterzenie poziome otrzymało obrys trapezowy zamiast prostokątnego. Wzbogacono wyposażenie pilotażowe i nawigacyjne samolotu, zamiast drążka sterowego zastosowano wolant. W ZSRR zbudowano łącznie 3801 samolotów Jak-12 (w tym 3013 wersji R, M i A).
Opracowano też wersję Jak-12B, zbudowaną w układzie dwupłata, z małymi dolnymi skrzydłami, lecz z powodu pogorszonych osiągów, pomimo polepszonych charakterystyk startu i lądowania, nie weszła ona do produkcji.