Mustafa Czokaj przewodniczył emigracyjnemu Turkiestańskiemu Zjednoczeniu Narodowemu. Ponadto był autorem licznych artykułów dotyczących historii Środkowej Azji i narodowego ruchu turkiestańskiego. Związał się też z ruchem prometejskim, zostając redaktorem pisma „Prometeusz”, organu Narodowej Obrony Narodów Kaukazu, Ukrainy i Turkiestanu. Podczas II wojny światowej podjął kolaborację z Niemcami. Zaangażował się w tworzenie i organizację Legionów Turkiestańskich, dającego – jego zdaniem – możliwość walki o niezależny Turkiestan. Był to też sposób na uratowanie jeńców przed śmiercią w obozach. W tym celu we wrześniu i listopadzie 1941 r. wizytował obozy jenieckie dla żołnierzy Armii Czerwonej, aby wyciągnąć z nich ochotników pochodzących z obszarów Azji Środkowej. Zmarł pod koniec 1941 r. w Berlinie w niewyjaśnionych okolicznościach. Prawdopodobnie zaraził się tyfusem w czasie wizyt w obozach jenieckich.
Bibliografia Togan Zaki Walidi, Воспоминания. Борьба мусульман Туркестана и других восточных тюрок за национальное существование и культуру, Moskwa 1997 Bachyt Sadykowa, Мустафа Чокай,