1 kwietnia 1784 wraz z Janem Jaśkiewiczem, Janem Śniadeckim i profesorem farmacji Janem Szasterem przeprowadził udany eksperyment ze wzlotu balonem wypełnionym ogrzanym powietrzem. KEN odmówiła jednak dalszego finansowania eksperymentów. 14 stycznia 1785 został profesorem Szkoły Głównej Koronnej. Wspólnie z Janem Jaśkiewiczem organizował gabinet chemiczny sprowadzając szkła i aparaturę z Wiednia. W 1786 opublikował rozprawę O elektryczności uważanej w ciałach ziemskich i atmosferze. Towarzyszył królowi Stanisławowi Augustowi Poniatowskiemu w podróży po ziemi krakowskiej i sandomierskiej, a 27 czerwca 1787 roku odczytał w jego obecności rozprawę O chemicznym powinowactwie ciał. W nagrodę otrzymał od króla pierścień brylantowy.
Władze uczelni poleciły mu przeprowadzenie wykładów z botaniki (początkowo miał wykładać ją bezpłatnie). Jako stypendysta KEN w 1788 uzupełniał swoją wiedzę z zakresu botaniki i chemii u profesora Józefa Jacquina w Wiedniu. Urządził i rozbudował Ogród Botaniczny sprowadzając okazy z Wiednia, Paryża i Petersburga. Jako pierwszy wyhodował w krakowskich cieplarniach banany. 22 czerwca 1790 otrzymał patent na katedrę historii naturalnej i chemii. W tym samym roku oprowadził po Krakowie, Krzemionkach i Wieliczce poetę Johanna Wolfganga von Goethe.