otrzymał papieską prekonizację 7 października 1600 i objął rządy w lutym 1601. W okresie sprawowania rządów w diecezji warmińskiej zajmował się przede wszystkim sprawami państwowymi, m.in. prowadził akcję dyplomatyczną, mającą na celu pozyskanie elektora brandenburskiego dla koalicji antyszwedzkiej; odbył jednak generalną wizytację diecezji warmińskiej, a także nadał nową regułę zakonowi katarzynek w Braniewie (1602). W bieżącej pracy w diecezji był zastępowany przez administratora, kanonika Jana Pisińskiego.
W listopadzie 1603 został mianowany przez króla biskupem kujawsko-pomorskim, objął rządy w nowej diecezji latem 1604; już w styczniu 1607 został przeniesiony na biskupstwo krakowskie, gdzie pozostał do końca życia. W diecezji krakowskiej zajął się wprowadzaniem reform soboru trydenckiego, dbał o dyscyplinę wśród duchowieństwa. Wspierał Akademię Krakowską, a także klasztory, szpitale i kościoły. Ufundował stypendium dla studentów Akademii Krakowskiej pochodzących z Warmii; w 1615 razem z bratem Jakubem ufundował kaplicę Tylickich w kościele dominikanów św. Mikołaja w Toruniu.