Dlatego mistrzostwa te nie były rozgrywane z odpowiednim podziałem na ligi, lecz podzielone zostały na cztery moduły, a o przydziale klubów do utworzonych modułów decydowali organizatorzy, nie publikując przy tym kryteriów, na których się opierali. Respektując wyrok sądu do rozgrywek włączono także klub Gama, i to pomimo decyzji FIFA, która zabraniała rozgrywania meczów z tym klubem.
Nietypowe mistrzostwa Brazylii roku 2000 otrzymały oficjalną nazwę Copa João Havelange.
Podział na moduły Turniej podzielony został na cztery moduły: Niebieski (Módulo Azul), Żółty (Módulo Amarelo), Zielony (Módulo Verde) i Biały (Módulo Branco). Do finałowej fazy mistrzostw awansowało 16 klubów - 12 klubów z Modułu Zielonego, 3 kluby z Modułu Żółtego oraz tylko jeden klub z Modułu Zielonego i Białego (po 4 najlepsze kluby z Modułu Zielonego i Modułu Białego zmierzyły się ze sobą, by wyłonić jedyny klub, który miał zagrać w fazie finałowej). W roku tym nie było żadnych spadków ani awansów między brazylijskimi ligami.