W sierpniu 1948 za „chwiejność ideologiczną i pojednawczość wobec odchylenia prawicowo-nacjonalistycznego” zdegradowany z członka Komitetu Centralnego PPR na zastępcę członka.

Aresztowany 21 maja 1950 przez grupę operacyjną Biura Specjalnego MBP i po 4 latach śledztwa oskarżony i skazany w dniu 22 maja 1954 na dożywocie m.in. za mordy na ludności polskiej i żydowskiej. MBP zamierzało także wykorzystać materiał dowodowy, aby skłonić Korczyńskiego do zeznań przeciwko Władysławowi Gomułce. Więziony w latach 1950–1956. 24 grudnia 1954 Sąd Najwyższy zmienił wyrok na 15 lat więzienia. Na wolność wyszedł na fali politycznej „odwilży” w kwietniu 1956. W lipcu tegoż roku ówczesny I sekretarz KC PZPR Edward Ochab poinformował plenum KC o przywróceniu mu legitymacji partyjnej. Na wniosek Prokuratury Generalnej Sąd Najwyższy postanowieniem z 10 listopada 1956 wznowił postępowanie oraz uchylił wyrok skazujący, uzasadniając uchylenie tym, że śledztwo prowadzone było przez organa MBP w sposób tendencyjny, a aresztowanie pod zarzutem szpiegostwa było spowodowane „chęcią wymuszenia od niego zeznań obciążających Władysława Gomułkę”. Podczas śledztwa stosowano wobec Korczyńskiego przymus fizyczny i psychiczny. Postanowieniem Prokuratora Generalnego z dnia 12 stycznia 1957 śledztwo przeciwko niemu umorzono.