Jako ostatni, trasę tę 9 czerwca 1990 przejechał pociąg specjalny z cyklu Nostalgia za parą, zorganizowany przez Poznański Klub Modelarzy Kolejowych. Fizyczna likwidacja odcinka nastąpiła w pierwszej połowie 1994 roku.
W 1998 roku kolej przewiozła 74 643 osoby i aż 51 284 t towarów, co praktycznie wyczerpywało jej możliwości przewozowe. W 1999 roku kolej posiadała dwie sprawne lokomotywy spalinowe Lxd2, ponadto wagony motorowe MBxd2 (dwa sprawne). W tym roku kolej przewiozła 72 024 osoby i 41 484 t towarów.
Czasy współczesne W takim kształcie ŚKD dotrwała do 23 czerwca 2001. Tego dnia zawieszono kursowanie pociągów pasażerskich w związku z restrukturyzacją przedsiębiorstwa PKP. Dzięki zaangażowaniu władz lokalnych, mieszkańców oraz entuzjastów 24 stycznia 2002 ponownie uruchomiono regularne kursy. Kolejka kursowała na 23-kilometrowym odcinku Stare Bojanowo Wąskotorowe – Śmigiel – Wielichowo i funkcjonowała pod zarządem Stowarzyszenia Kolejowych Przewozów Lokalnych pod nazwą Śmigielska Kolej Dojazdowa jako pierwsza samorządowa kolej w Polsce.