W 1861 r. dotychczasową stację misyjną przekształcono w parafię, której pierwszym proboszczem został ks. Teofil Gierszewski. Od końca XIX w. działały przy niej liczne bractwa i stowarzyszenia, w 1900 r. w Ostródzie osiadły Siostry Elżbietanki. Rozbudowa kościoła do obecnej postaci nastąpiła w latach 1910-1913 (według projektu Fritza Heitmanna z Królewca), dodano wówczas wieżę, konsekracja miała miejsce w 1923 r. Po I wojnie światowej wielu katolików przeniosło się do Polski, a w 1924 r. parafię włączono do diecezji warmińskiej. W latach 1928–1941 istniała szkoła katolicka. Po II wojnie światowej kościół był gruntownie remontowany w latach 80. XX w. W związku ze zmianami ludnościowymi w mieście powstały dalsze parafie rzymskokatolickie.
Architektura i zabytki Kościół, zbudowany na wzgórzu górującym nad starym centrum i jeziorem, jest budowlą ceglana, neogotycką. Jest świątynią trójnawową, halową, z pięciobocznie zamkniętym prezbiterium i wieżą od strony płd. We wnętrzu gwiaździste sklepienie podtrzymywane jest przez okrągłe filary. Przed rozbudową był krótszy o 2 przęsła zachodnie, a zamiast 54-metrowej wieży miał tylko małą wieżyczkę w fasadzie. Zewnętrzną bryłę ożywiają jasno tynkowane blendy trójkątnego szczytu zachodniego i wieży. Również wyposażenie wnętrza jest neogotyckie. 18-głosowe organy pochodzą z 1892 r.