W 2002 roku tenisista hiszpański został mistrzem 2 turniejów, w tym zawodów ATP Masters Series w Monte Carlo. Największy w sezonie sukces odniósł w Paryżu podczas French Open, docierając do finału po pokonaniu m.in. Andre Agassiego i Marata Safina. Spotkanie o tytuł przegrał 1:6, 0:6, 6:4, 3:6 z Albertem Costą. W listopadzie został finalistą Tennis Masters Cup ulegając 5:7, 5:7, 6:2, 6:2, 4:6 Lleyonowi Hewittowi. Ferrero ukończył 2002 rok jako 4. tenisista na świecie.
Największy w karierze sukces Ferrero odniósł w czerwcu 2003 triumfując we French Open. W półfinale wyeliminował broniącego tytuł Alberta Costę, a w finale wynikiem 6:1, 6:3, 6:2 Martina Verkerka. Hiszpan został także wicemistrzem US Open, w ćwierćfinale pokonując mistrza z 2002, Lleytona Hewitta, i w półfinale Andre Agassiego. Pojedynek finałowy przegrał z Andym Roddickiem. Ferrero został także ćwierćfinalistą Australian Open i doszedł do 4 rundy Wimbledonu, ustanawiając swój najlepszy wynik 20 zwycięstw w zawodach wielkoszlemowych w karierze. Oprócz sukcesu we French Open został zwycięzcą 3 innych imprez, w tym ATP Masters Series w Monte Carlo i Madrycie (korty twarde w hali). Z turnieju Tennis Masters Cup odpadł po meczach grupowych. Po zakończeniu US Open Hiszpan został liderem rankingu zajmując tę pozycję przez 8 tygodni, natomiast sezon zakończył jako nr 3.