Aoun nie zaakceptował jej, gdyż w swojej treści nie zawierała planu wycofania sił syryjskich z Libanu.
5 listopada 1989 parlament wybrał na prezydenta René Moawada, czego Aoun również nie zaakceptował. Jego prezydentura trwała jednak tylko 17 dni ponieważ został zabity. Na nowego prezydenta kraju parlament wybrał Eliasa Hrawi. Hrawi mianował dowódcą armii Émile’a Lahouda i wezwał Aouna do ustąpienia za stanowiska premiera i opuszczenia pałacu prezydenckiego. Po odmowie Aouna zdymisjonował jego rząd, czego ten nie zaakceptował.
Od stycznia 1990 do jesieni trwały zacięte walki między siłami Aouna i wojskami libańskimi wiernymi nowemu prezydentowi. 13 października 1990 w wyniku powietrznej i lądowej operacji wojsk libańskich i syryjskich Aoun został otoczony w pałacu prezydenckim i zmuszony do kapitulacji. Zbiegł do ambasady francuskiej i rozpoczął negocjacje na temat złożenia broni.
W sierpniu 1991 Aoun opuścił Liban i wyemigrował do Francji, gdzie uzyskał od prezydenta azyl polityczny. W styczniu 1999 premier Libanu Rafik Hariri zagwarantował nietykalność i wolność Aounowi po jego ewentualnym powrocie do kraju.