Odbył staże naukowe m.in. w Moskwie, Leningradzie, Brnie, Lipsku i Belgradzie.

Zainteresowania naukowe Henryka Rota obejmowały problematykę źródeł prawa z uwzględnieniem kwestii aksjologicznych i strukturalnych prawa, takich jak wzajemny stosunek aktów prawotwórczych, zasady procesu legislacyjnego, typologia aktów prawotwórczych, ich ogłaszanie, podziały systemu prawa. Zajmował się również problematyką kodyfikacji i kodeksami. W latach 1961–1989 był członkiem Zespołu Badań Rad Narodowych w Instytucie Nauk Prawnych PAN i kierownikiem grupy badawczej. Zasiadał w redakcji czasopisma „Problemy Rad Narodowych”. Opublikował ponad 200 pozycji naukowych z zakresu prawoznawstwa i informatyki prawniczej. Działał m.in. w Towarzystwie Wiedzy Powszechnej, Polskim Towarzystwie Cybernetycznym, a także sekcji polskiej International Association of Philosophy of Law and Social Philosophy. Wchodził w skład Redakcji czasopisma „Studies in the Theory and Philosophy of Law”, Komitetu Nauk Prawnych PAN oraz komitetu redakcyjnego „Państwa i Prawa”. Zajmował się również publicystyką jako autor artykułów w takich czasopismach jak „Polityka”, „Prawo i Życie”, „Przegląd Kulturalny”, „Kultura”, „Literatura” czy „Odra”.