Podczas działania w sztormowych warunkach w rejonie Zatoki Biskajskiej kadłub okrętu został poważnie uszkodzony.
Z powodu wad połączeń spawanych na pokładzie w dziobowej części kadłuba, wokół przewodów kominowych i nadbudówek pojawiły się pęknięcia. W związku z uszkodzeniami dowództwo wydało zalecenie aby ograniczać prędkość jednostek tego typu w warunkach sztormowych i niezwłocznie zawijać do najbliższego portu. W związku z wadami wszystkie okręty typu miały przejść program modernizacji polegający na wzmocnieniu konstrukcji kadłuba i wymianie części wyposażenia. „Königsberg” miał zostać zmodernizowany w stoczni Howaldswerke w Kilonii w styczniu 1941.
Po wybuchu II wojny światowej, pierwszą operacją bojową „Königsberga” był udział w stawianiu min na Morzu Północnym od 3 września 1939 (operacja Westwall). Pierwszą poważniejszą operacją stał się atak na Norwegię w 1940 (operacja Weserübung). Miał on zająć Bergen, transportując 750 żołnierzy, w składzie 3. grupy, m.in. z krążownikiem „Köln”. Częściowo dzięki podstępowi Niemców, podających się za okręty brytyjskie, udało się im rankiem 9 kwietnia 1940 wysadzić żołnierzy.