Działka były zasilane z magazynków bębnowych mieszczących po 45 nabojów. W przednim stanowisku było miejsce dla pięciu dodatkowych magazynków, w górnym na dziesięć, w bocznych na po cztery, a w tylnym na od pięciu do siedmiu. W tylnej wieżyczce zastosowano taśmociąg napędzany korbką, za pośrednictwem przekładni łańcuchowej, do dostarczania zapasowych magazynków. Dodatkowe uzbrojenie defensywne składało się z trzech lub czterech karabinów maszynowych Typ 92, których łączny zapas amunicji wynosił 12 magazynków po 97 nabojów. Można było prowadzić z nich ogień ze stanowisk pomocniczych: dolnego (otwór w spodzie tylnej części kadłuba, zamykany wodoszczelną klapą), górnego (otwierany właz na grzbiecie kadłuba, przed przednim dźwigarem skrzydeł) oraz dwóch bocznych (otwierane okienka w dolnej powierzchni skrzydeł tuż przy kadłubie), ewentualnie przez otwierane boczne okna w głównej kabinie załogi. Dzięki temu H8K był najsilniej uzbrojonym samolotem produkowanym seryjnie w Japonii>.
Uzbrojenie ofensywne tworzyły bomby lub torpedy, podwieszane na zewnętrznych zaczepach pod centropłatem, pomiędzy gondolami silników.