Z biegiem czasu w ramach neokantyzmu powstał szereg szkół, z których najważniejszymi i najbardziej wpływowymi były: szkoła marburska na uniwersytecie w Marburgu (Hermann Cohen, Paul Natorp, Ernst Cassirer) szkoła badeńska (fryburgska) na uniwersytetach w Strasburgu, Heidelbergu oraz Freiburgu Bryzgowijskim (Wilhelm Windelband, Heinrich Rickert i Emil Lask)
Jednak pamięć o neokantystach zmieniła się dramatycznie w dziesięcioleciach po 1918 roku. Neokantyzm zaczął być kojarzony z przedwojennym porządkiem i stał się głównym celem ataków dla wielu młodych filozofów (w tym również uczniów neokantystów), którzy chcieli w ten sposób przebić się do świadomości publicznej. Późniejsze wstrząsy geopolityczne, w tym dojście Hitlera do władzy w 1933 roku, niemal wymazały instytucjonalną pamięć o neokantyzmie w ramach wyłaniających się tradycji analitycznych i kontynentalnych. Jednak w ostatnich dziesięcioleciach historycy filozofii zaczęli odkrywać na nowo zarówno historyczne, jak i filozoficzne znaczenie neokantyzmu.