Dzisiejszy główny układ architektoniczny powstał w wyniku przebudowy zakończonej w roku 1655, po pożarze z 1637 roku. Data odbudowy wraz z herbem Odrowążów, z których wywodzą się śląscy dominikanie – św. Jacek i błogosławiony Czesław widnieją na kamiennej ościeżnicy drzwi prowadzących od północnej strony na chór. W tym roku powstała również kaplica grobowa rodziny hrabiów von Gaschin oraz Matki Boskiej Szkaplerznej, poprzez podwyższenie i postawienie filarów w zachodnim przęśle nawy. W 1810 roku po kasacji klasztoru dominikanów również kościół przyklasztorny miał zostać zlikwidowany. Jednak w wyniku zabiegów duchowieństwa 24 sierpnia 1811 roku zawarto porozumienie. Mówiło ono, że w kościele św. Jakuba będą odprawiane nabożeństwa w języku polskim. Królewski Urząd Skarbowy przeznaczył 926 talarów na utrzymanie dwóch duchownych i kościelnego, a także na zakup sprzętów liturgicznych. Nabożeństwa w języku polskim odprawiane były w tym kościele do roku 1938. Podczas renowacji kościoła w latach 1822-1823 wymieniono między innymi gonty na niepalny dach. W 1874 roku przebudowano elewację kościoła.