W czasie II wojny światowej Niemcy uczynili ze świątyni więzienie, a następnie stolarnię. Stanowiło to – wraz z nasilającą się grabieżą dzieł sztuki – ogromne zagrożenie dla obrazu. Parafianin Antoni Durys nocą 24 lipca 1942 r. wyniósł obraz i mimo zagrożenia własnego życia w związku z poszukiwaniem dzieła przez Gestapo, przechował go najpierw we własnym domu, a później starannie zabezpieczył i razem z Wacławem Popielem ukrył na cmentarzu. 4 marca 1945 r. podczas uroczystej procesji obraz ponownie wrócił do głównego ołtarza. 28 maja 2005 r. obraz Pajęczańskiej Matki Kościoła został ukoronowany papieskimi koronami przez kardynała Stanisława Nagiegohttps://www.youtube.com/watch?v=hrgBKHaHfSA Film z koronacji..
Na mocy ukazu carskiego z 1870 r. Pajęczno utraciło prawa miejskie. Na początku I wojny światowej osada przeżywała zmienne koleje losu, mimo iż nie toczono tu większych bitew. We wrześniu 1914 stacjonowały tu pułki dragonów rosyjskich, w październiku przechodziły przez miasto oddziały niemieckie, w listopadzie ponownie pojawili się Rosjanie, ale zostali wyparci przez austriackich huzarów. 4.