Po habilitacji W 1993 pod kierownictwem W. Widackiego w Instytucie Geografii UJ powołano Pracownię GIS. W tym samym roku W. Widacki zorganizował też pierwszą międzynarodową konferencję poświęconą zastosowaniom GIS w badaniach środowiska przyrodniczego GIS for Environment. W 1996 r. pod jego kierownictwem utworzono Laboratorium GIS - pierwszą w Polsce uniwersytecką pracownię komputerowych systemów informacji geograficznej. Wyposażone ze środków Unii Europejskiej laboratorium o światowym standardzie oddane zostało do dyspozycji studentów. W 1997 r. studenci mogli uczyć się GIS z podręcznika autorstwa W. Widackiego pt. Wprowadzenie do Systemów Informacji Geograficznej (Widacki, 1997). W 1998 r. Pracownia GIS została przekształcona w Zakład GIS, rok później W. Widacki otrzymał tytuł profesora nauk o Ziemi.
Wojciech Widacki był również inicjatorem i kierownikiem studiów podyplomowo-magisterskich UNIGIS, prowadzonych metodą e-learningu, wspólnie z Uniwersytetem Parisa Lodrona w Salzburgu. Były to pierwsze w Polsce studia geograficzne na odległość, a także jedne z pierwszych uniwersyteckich studiów międzynarodowych, dających tytuł Master of Science uczelni zagranicznej.
Dorobek naukowy Dorobek naukowy W.