W 1998 został prezesem zarządu przedsiębiorstwa Sava Investment Group. W 2000 został wiceprezydentem, a w następnym roku prezydentem Konfederacji Pracodawców Polskich (2010 organizacja ta zmieniła nazwę na Pracodawcy Rzeczypospolitej Polskiej); uzyskiwał reelekcję na kolejne kadencje. Na czele tej organizacji stał do 2022, kiedy to zastąpił go Rafał Baniak. Andrzej Malinowski został honorowym prezydentem Pracodawców RP i przewodniczącym rady federacji.
W 2010 prezydent Lech Kaczyński powołał go na członka Narodowej Rady Rozwoju. W 2015 z ramienia Pracodawców Rzeczypospolitej Polskiej został członkiem powołanej przez prezydenta Andrzeja Dudę – Rady Dialogu Społecznego.
W 2019 tygodnik „Do Rzeczy” opublikował artykuł Piotra Woyciechowskiego, według którego Andrzej Malinowski był tajnym współpracownikiem AWO Zarządu II SG WP.