Panowanie Krótko po zakończeniu wojny z braćmi Mehmed musiał zmierzyć się z kolejnymi wewnętrznymi niepokojami. W 1414 i 1415 r. pokonał ostatnich przeciwników w Anatolii. Do najpoważniejszego zagrożenia tronu Mehmeda doszło w 1416 r. Wówczas wybuchło powstanie szejka Bedreddina (kadiaskera Musy, skazanego na wygnanie po zwycięstwie Mehmeda), nawołującego do zjednoczenia trzech wielkich religii (islamu, chrześcijaństwa i judaizmu) oraz reform społecznych (to hasło miało dużą popularność w kraju zniszczonym ciągłymi wojnami). Przeciwko Mehmedowi wystąpił też domniemany kolejny jego brat Mustafa (który zaginął podczas bitwy pod Ankarą), wsparty przez Manuela Paleologa, Mirczę Starego oraz Wenecję.
Mehmed odparł atak sojuszników Mustafy (mimo zniszczenia floty osmańskiej przez Wenecjan), a samego Mustafę zmusił do ucieczki do Konstantynopola. Doszedł wówczas do porozumienia z cesarzem Manuelem, zgadzając się nie atakować Bizancjum w zamian za powstrzymanie Mustafy od prób przejęcia tronu osmańskiego. Stłumił też szeroko rozlewające się powstanie Bedreddina, który został powieszony (choć ruch ten tlił się jeszcze gdzieniegdzie dość długo). W 1419 r. zaatakował Dobrudżę, a także w kilku kampaniach podporządkował sobie Wołoszczyznę (do imperium osmańskiego przyłączone zostało wówczas Giurgiu).