W 2002 objął stanowisko szefa Zarządu Rozpoznania i Walki Elektronicznej A2 Wojsk Lotniczych i Obrony Powietrznej, natomiast w 2003 został zastępcą szefa Sztabu Wojsk Lotniczych i Obrony Powietrznej. Od 2004 do 2007 był szefem Centrum Planowania Dowództwa Operacyjnego w Warszawie. Następnie przez krótki czas służył w Sztabie Generalnym Wojska Polskiego w Warszawie jako zastępca szefa Zarządu Szkolenia P7, po czym został szefem Sztabu – zastępcą dowódcy Sił PowietrznychW 2004 Wojska Lotnicze i Obrony Powietrznej przekształcono w Siły Powietrzne..
W dniu 12 sierpnia 2008, podczas lotu prezydenckiego samolotu, na pokładzie którego byli m.in. prezydent Lech Kaczyński oraz prezydenci Estonii, Litwy, Łotwy i Ukrainy, generał Załęski, wobec nacisków prezydenta, bezprawnie wydał kapitanowi lotu rozkaz lądowania na lotnisku w Tbilisi, znajdującym się w zasięgu ostrzału wojsk rosyjskich. W związku ze śmiercią w katastrofie smoleńskiej gen. br. pil. Andrzeja Błasika, czasowo pełnił obowiązki Szefa Sił Powietrznych.