Pozbawiony mocy „Komsomolec”, znajdujący się w tym czasie na głębokości 152 metrów, utracił w ten sposób siłę nośną utrzymującą go na zadanej głębokości, gdy okręt znajduje się w ruchu. Przestały także działać wewnętrzne systemy komunikacyjne okrętu. O godzinie 11:13 rano przestały działać pompy oleju, w związku z czym okręt utracił ciśnienie w układach hydraulicznych kontrolujących płaszczyzny sterowe. Ster kierunku zaciął się, a załoga utraciła kontrolę nad rufowymi sterami głębokości. Kapitan Wanin wydał wobec tego rozkaz wydmuchania wody z głównych zbiorników balastowych, dzięki czemu udało się podnieść okręt na głębokość 100 metrów. Dzięki powtórzeniu na tej głębokości tej samej procedury z dodatkowym balastem wodnym okręt zdołał wynurzyć się na powierzchnię, co umożliwiło wysłanie zaszyfrowanego sygnału SOS do dowództwa. Wynurzenie nie polepszyło jednak sytuacji okrętu. O godzinie 11:21 pożar rozprzestrzenił się przewodami na wszystkie rufowe przedziały jednostki, a temperatura przekroczyła 1000 °C. Mimo podejmowanych przez załogę wysiłków w celu uratowania okrętu, po pięciu godzinach na powierzchni, niszczona działaniem ognia i temperatury rufa okrętu zaczęła nabierać wody. Kapitan Wanin wydał wobec tego większości załogi rozkaz zgromadzenia się na dziobowej części pokładu oraz na kiosku.