Jan Zachwatowicz był wraz z Janem Bogusławskim inicjatorem oraz autorem odbudowy Zamku Królewskiego w Warszawie dokonanej w latach 1971–1984. 23 sierpnia 1980 roku dołączył do apelu 64 uczonych, pisarzy i publicystów do władz komunistycznych o podjęcie dialogu ze strajkującymi robotnikamiApel (dokument KSS KOR, Archiwum Opozycji IV/04.05.43 [b.n.s.])..
Zmarł w Warszawie, pochowany na cmentarzu Powązkowskim (kwatera 166-6-25).
Wybrane publikacje Ochrona Zabytków w Polsce (1965) Architektura Polska (1967) Katedra Gnieźnieńska (praca zbiorowa 1968) Sztuka Polska Przedromańska i Romańska do schyłku XIII w. (praca zbiorowa 1971) Zamek Królewski w Warszawie (1972)
thumb|upright|Znak obiektu zabytkowego autorstwa Jana Zachwatowicza
Życie prywatne Dwukrotnie żonaty z architektkami. Pierwszą żoną (od 1929) była Maria (1902–1994), córka Witolda Chodźki. Po raz drugi ożenił się z Izabelą Kunińską (1922–2015).
Córkami Jana Zachwatowicza są Krystyna Zachwatowicz – scenograf i aktorka, żona Andrzeja Wajdy oraz Katarzyna Zachwatowicz-Jasieńska (ur. 1932), śpiewaczka (mezzosopran) i dydaktyk śpiewu. Mieszkał przy ul.