We wrześniu Ludwig nie został zmobilizowany, usiłował dostać się do wojska na Wołyniu. Po powrocie do Warszawy w połowie października zaczął skupiać wokół siebie ocalałych instruktorów usuniętych wcześniej z ZHP. 30 października utworzyli oni własną organizację harcersko-wojskową, sformowaną w batalion, która na pamiątkę kursów instruktorskich przyjęła nazwę „Wigry”. Ludwig pełnił funkcję I zastępcy dowódcy batalionu.
W latach 1940–1941 kierował wywiadem wojsko-gospodarczym prowadzonym przez „Wigry” dla Tajnej Organizacji Wojskowej (TOW). Działał także w organizacji Wawer na terenie Mokotowa. Po włączeniu się „Wigier” do Związku Walki Zbrojnej (następnie Armia Krajowa) kierował w „Wigrach” sprawami bezpieczeństwa, wywiadu i informacji oraz konspiracyjnymi kontaktami z innymi organizacjami. Był pomysłodawcą i kierownikiem akcji „charytatywnej” – pomocy rodzinom harcerskim, współdziałał też w akcji pomocy więźniom. Organizował „pluton techniczny”, który przeszedł następnie do Wojskowej Służby Ochrony Powstania (WSOP). W 1943 roku wszedł do tzw. „Korpusu Zachodniego” (agendy Delegatury Rządu na Kraj), w którym prowadził Referat Sądowo-Karny i kierował kursem administracyjno-organizacyjnym, przygotowującym zespół administracyjny na Ziemie Zachodnie. W swoim własnym mieszkaniu uruchomił tzw.