500px|mały|Cykl syntetyczny podczas otrzymywania oligonukleotydów metodą amidofosforynową na podłożu stałym Chemiczna synteza oligonukleotydów – otrzymywanie metodami chemicznymi krótkich (maksymalnie około 200 jednostek nukleotydowych, zwykle około 20) fragmentów DNA lub RNA (oligonukleotydów) o zdefiniowanej sekwencji zasad nukleotydowych.

Do reakcji wykorzystuje się zazwyczaj jednostki nukleotydowe posiadające w pozycji 3′-O aktywowaną grupę fosforanową lub jej analog, do której przyłączane są kolejno następne jednostki posiadające wolną grupę 5′-OH. Pozostałe miejsca aktywne niebiorące udziału w danej reakcji są zablokowane grupami ochronnymi. Odpowiedni dobór i manewrowanie grupami ochronnymi pozwala na uzyskanie bardzo wysokiej wydajności tworzenia wiązania internukleotydowego (powyżej 99%).