Wydajność końcowa całej syntezy Wk wynosi: Wk = Wn × 100% gdzie n – liczba cykli syntetycznych, Wn – średnia wydajność jednego cyklu wyrażona jako ułamek molowy Aby uzyskać pożądany oligonukleotyd konieczne jest osiągnięcie wydajności bliskiej 100% dla każdej reakcji podczas syntezy. Typowa długość syntetycznych oligonukleotydowe jest rzędu 20 nukleotydów, a ich maksymalna długość może wynosić do 300 nukleotydów. Po syntezie usuwane są grupy blokujące, a produkt odłączany jest od podłoża, co uzyskuje się np. ogrzewając podłoże z oligonukleotydem w stężonym roztworze amoniaku. Do izolowania oraz oczyszczania uzyskanych łańcuchów oligonukleotydowych stosuje się HPLC lub elektroforezę.
Oligonukleotydy można też otrzymać na drodze hydrolizy (chemicznej lub enzymatycznej) kwasów nukleinowych oraz syntezy enzymatycznej.
Modyfikacje oligonukleotydów Tworzenie stabilnych chemicznie krótkich oligonukleotydów było najwcześniejszym wyzwaniem w rozwijaniu terapii antysensowej. Oligonukleotydy o budowie naturalnej są szybko rozkładane przez nukleazy, występujące w każdym typie komórek, a ponadto, ze względu na ujemny ładunek reszt fosforanowych, słabo przenikają przez błony komórkowe.