Ochrana miała własne szyfry i system łączności, niezależne od Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, Ministerstwa Spraw Zagranicznych i dowództwa wojskowego. Organizacyjnie podlegała, poprzez powołany w 1898 Wydział Specjalny (Osobyj Otdieł), dyrektorowi Departamentu Policji, działającemu w ramach Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. Zasadniczą taktyką Ochrany była infiltracja działających wtedy w Rosji licznych organizacji wywrotowych, natomiast jej specjalnością stało się organizowanie wszelkiego rodzaju prowokacji.
Ochrana zatrudniała stosunkowo niewielki zespół etatowych funkcjonariuszy, ale korzystała z rozbudowanej (w 1915 około 300 tysięcy) sieci osobowych źródeł informacji, z prowokacji jako metody walki politycznej i tzw. filerów.
Struktura terenowa W Imperium Rosyjskim działało siedem wyodrębnionych zarządów ochrany, m.in. w Petersburgu, Moskwie (1880), Warszawie (1881), Kijowie, Odessie i Tyflisie (obecnie Tbilisi), a także 19 terytorialnych, m.in. w Białymstoku, Łodzi i Wilnie. Ochrana miała także agenturę za granicą z centralą w Paryżu, której podlegały placówki w Genewie, Londynie, Berlinie, a także w Galicji i na Bałkanach.