Koniec rządów Podczas jego nieobecności Nowy Amsterdam został zdewastowany przez Indian, ale jego powrót przywrócił pewność kolonistom. Mimo że zorganizował milicję i ufortyfikował miasto, uspokoił wrogie plemiona głównie dzięki łagodnemu traktowaniu. W roku 1653 zebranie, w skład którego wchodziło po dwóch delegatów z każdej miejscowości w Nowej Holandii, zażądało reform. Stuyvesant nakazuje rozejść się zgromadzeniu mówiąc „wywodzimy swoją władzę od Boga i od Kompanii a nie od kilku poddanych”. Duch oporu mimo tego wzrasta jeszcze bardziej i narusza inne kolonie z pustymi zasobami pieniężnymi, co zaczyna niepokoić gubernatora. W roku 1664 Karol II odstępuje bratu księciu Yorku duże terytoria zawierające Nową Holandię; następnie pojawiają się cztery angielskie statki z 450 ludźmi dowodzonymi przez kapitana Richarda Nichollsa, które biorą w posiadanie zatokę. 30 sierpnia sir George Cartwright dostarcza gubernatorowi wezwanie do poddania się obiecując zachowanie życia, majątku i wolności tym wszystkim, którzy uznają władzę króla angielskiego. Stuyvesant przeczytał list przed dostarczeniem go Radzie a następnie podarł go obawiając się jednomyślności jej członków.