Wraz z przywróceniem rządów cesarskich, nadszedł okres gorączkowej modernizacji oraz industrializacji kraju.
Historia floty, pełna sukcesów odnoszonych niekiedy w walce z dużo potężniejszymi przeciwnikami, jak podczas pierwszej wojny chińsko-japońskiej oraz wojny rosyjsko-japońskiej (1904–1905), dobiegła końca wraz z jej prawie całkowitym unicestwieniem podczas II wojny światowej, głównie za sprawą działań US Navy.
Cesarską Marynarkę Wojenną oficjalnie rozwiązano w 1947 roku. We współczesnej Japonii obroną wód terytorialnych zajmują się Japońskie Morskie Siły Samoobrony.
Początki thumb|Japoński uzbrojony statek handlowy z 1634 roku, łączący w sobie wschodnie i zachodnie technologie budowy thumb|Bitwa w zatoce Dan-no-Ura (1185) Japonia ma długą tradycję morskich kontaktów z kontynentalną Azją, miała ona swój początek przynajmniej na początku ery Kofun w III wieku n.e.
W okresie następującym po próbach podboju tego wyspiarskiego kraju podejmowanych przez Kubilaj-chana w latach 1274 i 1281, japońscy piraci (wakō) rozpoczęli intensywne grabieże u wybrzeży Cesarstwa Chińskiego.