Niemieckie wojska zostały z entuzjazmem powitane przez Litwinów. W pierwszych dniach okupacji w Wilnie ukonstytuował się Litewski Komitet Miejski ze Stasysem Żymantas-Żakewicziusem na czele. Korzystając z przychylności niemieckich władz wojskowych Komitet przystąpił do tworzenia litewskiej administracji i podjął zabiegi w celu lituanizacji zdominowanego przez ludność nielitewską miasta. Berlin nie zamierzał jednak wychodzić naprzeciw litewskim aspiracjom. Wkrótce nowi okupanci zakazali działalności litewskich partii politycznych i organizacji społecznych, a nawet wywieszania litewskich flag. Językiem urzędowym w okupowanym kraju został język niemiecki. Przedwojenne terytorium Litwy znalazło się w granicach utworzonego 1 września 1941 roku Komisariatu Rzeszy Wschód – jako Generalny Komisariat Litwy ze stolicą w Kownie.
Wilno wraz z częścią przedwojennego województwa wileńskiego również zostało włączone do Generalnego Komisariatu Litwy. W mieście ulokowano siedziby komisariatu okręgowego miasta Wilna oraz komisariatu okręgu Wilno. Na czele pierwszego stanął komisarz Hans Hingst, a na czele drugiego komisarz Horst Wulff. 3 sierpnia 1941 roku do Wilna wkroczył kolejny pododdział Einsatzgruppen – tym razem było to tzw.