Jan Podgórski został skierowany do rezerwy kadrowej kiedy ministrem obrony narodowej był Aleksander Szczygło i ostatecznie w roku 2008 nowy minister obrony narodowej Bogdan Klich podjął decyzję o zakończeniu zawodowej służby wojskowej w 2009 przez gen. bryg Jana Podgórskiego po 35 latach nie wyznaczając go na nowe stanowisko służbowe, który był w rezerwie kadrowej.
Pierwszego dnia procesu generał zwrócił się do dziennikarzy, by nie stawiali inicjałów przy jego nazwisku, gdyż jest niewinny. 29 czerwca 2010 pierwszy wyrok uniewinniający wydał Wojskowy Sąd Garnizonowy w Warszawie (wojskowy, bo generał podlegał jurysdykcji tego wymiaru sprawiedliwości), został oczyszczony z zarzutów brania łapówek oraz poświadczenia nieprawdy w zaświadczeniach lekarskich. Od tego wyroku prokuratura złożyła odwołanie i sprawa stanęła przed Izbą Wojskową Sądu Najwyższego. 21 lutego 2011 profesor został przez Sąd Najwyższy (przewodniczący składu sędziowskiego Wiesław Błuś) prawomocnie uniewinniony od zarzutu korupcji i fałszowania dokumentacji medycznej i oddalił apelację prokuratury wojskowej. Po ogłoszeniu decyzji profesor dziękował swojemu adwokatowi Marianowi Jackowi Hilarowiczowi: "Prawym sędziom, a zwłaszcza sędziemu, który nie uległ presji" i nie zgodził się na wniosek prokuratury o areszt. (...) Byłem planowany na doktora bis. Bo pasowałem.