Wysiłki te spotykają się jednak z obojętnością ze strony oficjalnych przedstawicieli Egiptu oraz niechęcią ze strony wielu organizacji romskich, oskarżających Egipcjan Bałkańskich o tworzenie sztucznych podziałów lub też uleganie obcym wpływom, zorientowanym na podzielenie jednej społeczności romskiej. Pojawienie się Egipcjan w mozaice etnicznej Bałkanów oraz rosnący etnocentryzm zarówno tej, jak i wszystkich innych grup etnicznych w regionie, powodują ponadto ciągłą eskalację napięcia oraz coraz bardziej komplikują tamtejszą sytuację polityczno-etniczną.
W związku z niedawnym kryzysem i wojną w Kosowie sytuacja mieszkających tam Egipcjan stała się dramatyczna, lecz również ich istnienie zostało szerzej dostrzeżone przez media międzynarodowe. Szacuje się, iż w 1996 roku Kosowo zamieszkiwało ok. 87 tys. członków tej społeczności, dane dla września 1998 podają już 41 tys. osób, zaś we wrześniu 2000 roku pozostało z nich jedynie 20 tys. Mimo kwestionowanej wiarygodności tych danych, niewątpliwe jest, iż kosowscy Egipcjanie podczas wojny padali ofiarą wielu czystek etnicznych, dokonywanych zarówno przez paramilitarne oddziały serbskie, jak i przez UÇK. Wiele osób zostało wygnanych ze swych domów oraz wyemigrowało do Macedonii, Serbii (w tym Wojwodiny) oraz krajów Europy zachodniej.