Kodeks po wywiezieniu z Supraśla został rozdzielony. Jedna z części, na prośbę słoweńskiego slawisty prof. Jerneja Kopitara, została wysłana jemu do badań. Po śmierci Kopitara 118 kart Kodeksu nie wróciło do Polski, lecz zostały one przekazane do Biblioteki Uniwersytetu w Lublanie w Słowenii, gdzie są przechowywane do dziś. Pozostałe części księgi posiadali kolejno ksiądz Michał Bobrowski (od 1823), Władysław Trębicki (od 1847) oraz Tomasz Franciszek Zamoyski (od 1869). Polska część kodeksu, wywieziona do Niemiec w latach wojny, odnalazła się w 1962 roku w Stanach Zjednoczonych. W lipcu 1968 wróciła do Polski na statku „Batory”. W 1856 roku 16 kart Kodeksu zostało zakupionych przez rosyjskiego historyka Afanasija Byczkowa; na początku XX wieku znalazły się one w Cesarskiej Bibliotece Publicznej, która obecnie nosi nazwę Rosyjskiej Biblioteki Narodowej w Petersburgu.
Współcześnie Kodeks jest podzielony na trzy części: 151 kart znajduje się w zbiorach Biblioteki Narodowej w Warszawie w kolekcji Biblioteki Ordynacji Zamojskiej (sygn. BN BOZ 201), 118 kart w Bibliotece Uniwersyteckiej w Lublanie (Cod. Kop. 2), a 16 kart w Rosyjskiej Bibliotece Narodowej w Petersburgu (Q. perg.I.72.).