Wojsko obsadziło wszystkie klasztory, jednak oddziały, obrzucane wielokrotnie kamieniami przez rozjuszony tłum, starały się nie reagować zbyt gwałtownie na prowokacje, prawdopodobnie wykonując rozkazy władz, a także solidaryzując się w gniewie z mieszkańcami Krakowa. Zebrano kilka tysięcy podpisów pod petycją domagającą się wyrzucenia z miasta karmelitanek i jezuitów.
Równolegle toczyło się śledztwo. 22 lipca zaaresztowano przeoryszę zakonu Marię Wężyk i jej poprzedniczkę Maurycję Ksawerię Josaph. Przesłuchano przeora klasztoru karmelitów w Czernej koło Krzeszowic, który sprawował nadzór nad klasztorem karmelitanek bosych. Przyznał, że wiedział o przetrzymywaniu Barbary Ubryk w celi, został więc aresztowany pod zarzutem współudziału w sprawie.
Przed władzami stanęło zadanie wyjaśnienia przyczyn obecnego stanu zdrowia zakonnicy, ustalenia czy zaszło przestępstwo, a jeśli tak, to kto był jego sprawcą. Przesłuchiwano świadków, zapoznano się również z życiorysem poszkodowanej.
Życiorys Barbary Ubryk Anna Ubryk (Barbara to imię zakonne) urodziła się w Węgrowie na Mazowszu 14 lipca 1817 roku. Po śmierci rodziców wychowywała się wraz z 3 siostrami.