Muscle Museum – singel angielskiego zespołu rockowego Muse z ich debiutanckiego albumu, Showbiz. Jest to trzeci singel z tej płyty, a został wydany dwukrotnie – najpierw 22 listopada 1999 roku w Wielkiej Brytanii, a następnie 9 października 2000 roku w Stanach Zjednoczonych (wytwórnia Warner/Maverick).
Tytuł utworu powstał z dwóch słów, które w większości słowników znajdują się bezpośrednio przed i po „Muse”. Temat piosenki uważa się za dość ezoteryczny, jest różnie interpretowany, mówi o taki rzeczach jak masturbacja czy oziębłość płciowa. Jednak jak powiedział sam lider Muse Matthew Bellamy, piosenki na albumie były zainspirowane negatywnymi doświadczeniami dorastania w Teignmouth.. Sugeruje się, że miał na myśli bycie świeżo upieczonym zespołem, założonym w niechętnym dla niego społeczeństwie i grającym w mało ciekawych miejscach.
„Muscle Museum” znajduje się na dwóch koncertowych DVD Muse – Hullabaloo i Absolution Tour.
Dziennikarz muzyczny Ben Myers napisał biografię zespołu pt. Muse: Inside the Muscle Museum, wydaną w 2004 roku.