Dzięki staraniom stryjów uniknął zesłania i otrzymał stosunkowo łagodny wyrok: odsunięcie na zawsze od służby cesarskiej i dozór policyjny przez czas nieokreślony. Uciążliwy był zwłaszcza drugi punkt wyroku, gdyż każdy wyjazd poza granice powiatu wymagał osobnego zezwolenia. Udało się jednak Domeyce być w Wilnie w wieczór poprzedzający wyjazd przyjaciela, Adama Mickiewicza, do Petersburga.

Starania o uwolnienie spod nadzoru policyjnego nie dały rezultatu. Gospodarowanie na roli wypełniło mu sześć lat życia. Założył stado rasowych krów czarno-białych, kupił klacz czystej krwi arabskiej ze stada sprowadzonego przez emira Rzewuskiego. Zmniejszył pańszczyźniane powinności chłopów, zorganizował wiejską szkołę.

Powstanie listopadowe Na pierwszą wieść o wybuchu powstania listopadowego Ignacy Domeyko kupił u Żydów strzelbę kawaleryjską i pałasz. Możliwość udziału w powstaniu nadarzyła się dopiero wiosną 1831, gdy jeden z dawnych filomatów przywiózł mu rozkaz udania się do generała Skrzyneckiego z meldunkiem, że Litwa gotowa jest do powstania. Misja okazała się nieudana, a mogła zakończyć się tragicznie. Podczas przejścia przez Puszczę Augustowską został uznany za szpiega. Ocalił go ksiądz, który odprowadziwszy go na bok dla wyspowiadania przed rozstrzelaniem, kazał mu uciekać w las.