Niebawem postawiono go przed sądem pod zarzutem podżegania ludu stolicy do egzekucji targowiczan i uczestnictwa w linczowaniach, ale po rozprawie w Sądzie Najwyższym został uniewinniony.
Po III rozbiorze i rozpoczęciu panowania pruskiego w Warszawie Regulski zyskał przychylność króla Fryderyka Wilhelma II i wyjechał w 1795 roku do Berlina, mianowany kustoszem królewskich kolekcji. Król wysłał go do Italii w celu poczynienia zakupów antyków, które miały wzbogacić berlińską kolekcję. Gdy Regulski powrócił do pruskiej stolicy, królem był już Fryderyk Wilhelm III; nowy monarcha, pozbawiony jakiegokolwiek zainteresowania sztuką, odmówił zapłacenia za nabyte zbiory i Regulski pojechał z nimi w roku 1798 do Warszawy, gdzie poświęcił się twórczości artystycznej i powiększaniu swej kolekcji.
Żonaty z Marianną Chmielewską, Regulski miał troje dzieci, spośród których wyróżnił się najstarszy syn Stanisław, tłumacz i poeta. Po śmierci Stanisława zbiory Jana Regulskiego uległy rozproszeniu. Niestety na ogół nie sygnował swych gem i drobnych rzeźb, jedynie medale, więc trudno jest dociec, które z zachowanych w polskich muzeach gem i kamei są jego dziełem. Pochowany został na warszawskich Powązkach, być może w pobliżu późniejszego grobu krewnego, płk.