– alternatywna wersja wcześniejszej serii mangi i anime Magister Negi Magi. Anime było na antenie od 4 października 2006 do 28 marca 2007 w Japonii.
Wydano także tę historię w wersji komiksowej, której autorem jest mangi Takuya Fujima i wydawana jest pod tytułem Negima!? neo.
Fabuła Ponuro ciemna opowieść spadła na dziesięcioletniego Negi Springfielda i klasę trzecią A. Rok wcześniej Negi przybył do Mahora, a później do Mahory przybyło dwóch przedstawicieli z Akademii Magii z wieściami o zniknięciu mistycznego artefaktu zwanego „Kryształowa Gwiazda”. Kryształowa Gwiazda posiada moc której nie może kontrolować nawet Mistrza Tysiąca. Nawet jeśli powód zniknięcia Kryształowej Gwiazdy jest tajemniczy, moce artefaktu zaczynają otaczać Negiego i inne uczennice. Po raz pierwszy atak pochodzi od tajemniczej małej kwiatowej wróżki, która przenosi Negiego (i wszystkich wokół niego) do innego wymiaru, gdzie dziwne istoty powodują zamęt w kierunku jakimkolwiek oni wybiorą. Wróżka zawładnęła kilkoma uczennicami z jego klasy i skierowała je przeciwko niemu.