Uczestniczył w licznych konferencjach naukowych, zawsze będąc ubrany w sutannę i nosząc krzyż na piersi. Według jednej z historii nie zgodził się na zmianę szaty na świecką nawet proszony przez Lwa Trockiego, który zaprosił go na zjazd sowieckich inżynierów. Pozostał wierny tępionemu przez władze państwowe patriarsze Tichonowi. Był ostro atakowany przez prasę w tym między innymi „Bolszewika” i „LEF. Żurnał Lewogo Fronta” za szerzenie „religijnej ciemnoty”.

W 1928 po raz pierwszy został aresztowany pod zarzutem działalności kontrrewolucyjnej i zesłany na parę miesięcy do Niżnego Nowogrodu. Do drugiego aresztowania doszło 25 lutego 1933, pod zarzutem „członkostwa w kierowniczym centrum kontrrewolucyjnej organizacji «Partia Odrodzenia Rosji»”. W wyniku przesłuchań, duchowny został zmuszony do przyznania się, iż był głównym ideologiem organizacji i został skazany na 10 lat pobytu w obozach karnych. Już w czasie jego pobytu na zesłaniu zostały skonfiskowane jego notatki i gotowe do druku książki. Przez blisko rok pracował w Stacji Naukowo-Badawczej w Skoworodinie i Swobodnym, gdzie prowadził badania nad strukturą wiecznej zmarzliny i ewentualną możliwością jej wykorzystania w gospodarce. Efekty badań zostały opublikowane w książce Wiecznaja mierzłota i stroitielstwo na niej Nikołaja Bykowa i Pawła Kaptieriewa.