W Rzeczypospolitej zdarzały się również przypadki napaści, zabójstw, niszczenia mienia i pogromów innowierców. Najczęściej takich czynów dopuszczał się tłum, podburzony przez miejscowy kler katolicki lub zakonników. Przykładem takich zdarzeń był tumult krakowski 1574 podczas którego zabito dwóch ewangelików, usiłowanie zabójstwa Socyna w Krakowie w dniu 30 kwietnia 1598trybuna.com.pl., zburzenie zboru braci polskich w Krakowie podczas rozruchów antyprotestanckich w maju 1591 czy zabójstwo ministra Marcina Tertuliana oraz towarzyszące mu zburzenie zboru kalwińskiego w Wilnie w dniach 2 i 3 lipca 1611 roku. W latach 20. XVII wieku kolejne pogromy zburzyły wiele zborów protestanckich np. kalwiński i braci polskich w Lublinie – trzy dni po rozruchach sejm zakazał ich odbudowy. W roku 1616 po kilkakrotnych napaściach, w końcu tłumy podburzone przez jezuitów doszczętnie zniszczyły budynki obu poznańskich zborów protestanckich, a na ich gruzach zbudowano katolicki kościół św. Józefa i klasztor karmelitów bosych – nowy kościół luterański Świętego Krzyża został wyświęcony dopiero w roku 1786. Dochodziło również do przypadków napadów młodzieży katolickiej i plebsu na cmentarze i kondukty pogrzebowe ewangelików, połączone nierzadko z profanacją zwłok.