W styczniu 1862, po podzieleniu sił Unii w Zatoce Meksykańskiej na dwa dywizjony, „Santee” został przydzielony do Eskadry Blokadowej Zachodniej Zatoki (ang. West Gulf Blockading Squadron) dowodzonej przez komodora Davida Farraguta. Po reorganizacji okręt kontynuował aż do pory letniej działania blokadowe teksaskiego wybrzeża, głównie w pobliżu Galveston, po czym, gdy szkorbut osłabił siły załogi, a wielu załogantom skończył się czas zaciągu, okręt pożeglował na północ. 22 sierpnia dotarł do Bostonu, gdzie został wycofany ze służby w celu remontu 4 września.
Po remoncie w , okręt został ponownie włączony do służby dokładnie miesiąc później i popłynął do Newport, aby służyć jako okręt szkolny Amerykańskiej Akademii Morskiej, która została przeniesiona do tego miasta z Annapolis dla bezpieczeństwa, w związku z toczącą się wojną. W Newport uczniowie mieszkali, uczyli się i przygotowywali do służby na fregatach „Santee” i „Constitution”, co miało ich przygotować do służby dowódczej w Marynarce Unii.